A la fin de la saison, le Club doit faire face à une nouvelle scission. La section pro du RP1 fusionne avec le Racing Club de Paris alors en D3, tandis que les amateurs reprennent le nom de PARIS Football Club et repartent en 4e Division.
Roger ZEPPELLINI s'est retiré. Pierre SAVE, supporter de la 1ère heure, accepte la présidence malgré un contexte difficile. Le PFC, composé de jeunes joueurs, inexpérimentés, descend en DH.
Champion de Paris de DH en 1987/88, il retrouve la D IV. L'année d'après (88/89), il termine 1er de son groupe, dispute la finale du Championnat de France de 4e division (qu'il perd devant Bastia, 2 buts à1) et rejoint la 3e Division.
En 1991/1992, le PARIS FC, présidé par Bernard CAIAZZO, se classe 3e du Groupe Centre. 1ère, la réserve professionnelle de l'A.J. Auxerre ne peut pas monter. Le 2d devrait être Melun, mais les Seine et Marnais, en difficultés financières, sont rétrogradés par la DNCG. Malheureusement, la situation ne bénéficie pas au PFC et, en vertu du règlement, c'est Amiens qui est repêché en 2e Division.
Sous la présidence de Didier BARIANI, député-Maire du XXe arrondissement de Paris, le PARIS Football Club accède au nouveau championnat, le National 1, qui remplace la 3e Division. Au terme de l'exercice 1999/2000, malgré un recrutement important, il chute en CFA.